Eine begehbare Stadtmauer, Kirchen, das Rathaus, attraktive Bürgerhäuser und bedeutende Höfe gehören zu den Sehenswürdigkeiten der im Mittelalter nach Erfurt bedeutendsten Stadt Thüringens. Im Bauernkrieg war die Stadt das Thüringer Zentrum. Der zu jener Zeit als Prediger tätige einstige Weggefährte Luthers, der radikale Theologe Thomas Müntzer, war geistiger Anführer der Aufständischen.
Luther weilte persönlich nie in der einstmals Freien Reichsstadt. Dass Mühlhausen dennoch in der Zeit der Reformation und des Deutschen Bauernkrieges eine wichtige Rolle spielte, ist dem Wirken Thomas Müntzers geschuldet.
Im 15. Jahrhundert wird die Kritik gegen die Missstände in der Kirche lauter. Sie mischt sich mit einer Endzeitstimmung, die nicht zuletzt durch die Pestepedemien in Europa ausgelöst wird. Gleichzeitig verändert sich die Wirtschaft. Der Handel floriert, Bauern und Tagelöhner hingegen verarmen. Thomas Müntzer bringt diese Situation und das aktuelle Lebensgefühl auf den Punkt und radikalisiert es: Er mischt Elemente der mittelalterlichen Mystik mit solchen der Apokalypse und formt daraus seine Theologie der Revolution. Die Aufstände wertet er als Beginn des göttlichen Gerichts. Ausbeuter dürfen mit dem Schwert gerichtet werden.
Für seine Rolle im Bauernkrieg entscheidend ist, dass Thomas Müntzer nicht nur eine Reformierung der Kirche anstrebt, sondern eine Umwälzung der politischen Verhältnisse. Und er hält auch Gewalt für legitim. Martin Luther hingegen ruft zum Gehorsam gegen die Obrigkeit auf. Als dies ohne Wirkung bleibt, empfiehlt er ein brutales Vorgehen gegen die Aufständischen: "... man soll sie zerschmeißen, würgen, stechen, heimlich und öffentlich, wer da kann, wie man einen tollen Hund erschlagen muss." Thomas Müntzer nennt er den Teufel von Allstedt. Aus dem einstigen Weggefährten Luthers ist der ungeliebte Bruder geworden.
Ganz im Zeichen von Martin Luthers erbittertem Widersacher Thomas Müntzer steht die Dauerausstellung der Mühlhäuser Museen. Besonderes Prunkstück ist eine originalgetreue Nachbildung des reich verzierten Schwertes, das Thomas Müntzer in der blutigen Schlacht am 15. Mai 1525 bei Bad Frankenhausen getragen haben soll.
Nach der verlustreichen Niederlage der Aufständischen war der unbequeme Prediger schließlich gefangen genommen, gefoltert und später durch einen Scharfrichter enthauptet worden.
Von Mühlhausen kommend führt der Lutherweg nach Oberdorla. Sehenswert hier ist die Stiftskirche Sankt Peter und Paul. Am Portal der romanischen Kirche befinden sich die beiden, bereits stark verwitterten, aber sehr eindrucksvollen Apostel-Darstellungen. Die nächsten Stationen sind die Orte Langula, Kammerforst und Craula. Von hier aus lohnt sich ein Abstecher zum Baumkronenpfad und zur Wurzelhöhle am Nationalparkzentrum Thiemsburg im UNESCO-Weltnaturerbe Nationalpark Hainich.
