Burg Normannstein, eine mittelalterliche, überwiegend romanische Burganlage, wurde im 11. Jahrhundert als Warte zum Schutz der drei Furten, die durch die Werra führten und der Stadt ihren Namen gaben, erbaut. Die Geschichte von fünf Werraburgen wird heute in einer Dauerausstellung "Werraburgen über Werrafurten" im großen Viereckturm gezeigt.
Die Gründung des Klosters Zella im südlichen Eichsfeld wird um oder sogar weit vor 1100 als Doppelkloster (Männer und Frauen) vermutet. Der Bauernkrieg zog das Kloster nur unwesentlich in Mitleidenschaft. 1525 wurde das Kloster geplündert, jedoch nicht zerstört. In Folge der Reformation verließen alle Konventualinnen Kloster Zella - außer die Priorin, die sich der Lehren Luthers verbunden fühlte.
Als Stadt der Türme, Tore und Kirchen ist Mühlhausen bekannt. Zur Freien Reichsstadt Mühlhausen hatte Luther keinen direkten Bezug. Der zu jener Zeit als Pfarrer tätige und einstige Weggefährte Luthers, der radikale Theologe Thomas Müntzer, führte die hiesigen aufständischen Bauern. Im Bauernkrieg war die Stadt das Thüringer Zentrum. Luther versuchte, die Bauern mit Argumenten zu überzeugen und veröffentlichte am 10. Mai 1525 den Artikel " Wider die räuberischen und mörderischen Rotten der Bauern" - eine Denkschrift, die klarmachen sollte, dass man das Recht nicht mit Gewalt durchsetzen kann, sondern auf göttlichen Beistand hoffen muss. In dieser Schrift wird Thomas Müntzer als "Erzteuffel von Mühlhausen" bezeichnet, jemand, vor dem man warnen muss.
Am 15. Mai 1525 wurde in der Schlacht bei Bad Frankenhausen das Bauernheer unter Führung von Thomas Müntzer fast vollständig aufgerieben. Müntzer selbst überlebte die Schlacht, wurde verhaftet, gefoltert und am 27. Mai in Mühlhausen enthauptet.
Die Kultur- und Stadtgeschichte berichtet zu "St. Marien", dass hier kaiserliche Rechtsentscheidungen verkündet wurde, erstmals die Ratswahlkantate des jungen J.S. Bach erklang und Thomas Müntzer predigte. Als Müntzergedenkstätte, Ort musikalischer Veranstaltungen aber auch religiösen Lebens fungiert die Kirche heute.
Der Innenraum der bereits 1802 profanierten Kornmarktkirche beherbergt als Bauernkriegsmuseum eine Ausstellung, die über Verlauf, Höhepunkte und Nachwirkungen des Deutschen Bauernkrieges im Kontext der Zeit und als Bestandteil der deutschen Nationalgeschichte informiert.